El principal centro eclesiástico de Salona surgió próximo al primer oratorio cristiano, que estaba situado en una casa particular denominada domus ecclesiae. El centro estaba en un espacio delimitado al Oeste por las murallas de la ciudad, al Este por una calle que conducía hacia la puerta pequeña de la ciudad (en las murallas norte) y al Sur por una calle que salía de la antigua puerta de la ciudad llamada Porta Caesarea. En las ruinas de esa casa particular, junto a las murallas de la ciudad, se ven la sala del oratorio con su ábside semicircular, un banco de piedra empotrado para los sacerdotes y la base de la barandilla del altar. Se cree que ese fue el primer oratorio cristiano, que E. Dyggve llamo Oratorio A. Cerca de él, al Sur, existía un oratorio más que Dyggve llamó Oratorio B. A su oeste había una puerta, frente a la cual había un pequeño atrio con una fuente (cerca estaban las termas y por ende las tuberías de agua).
Bulić creía que ese era el lugar en el que se reunía la comunidad cristiana en los tiempos de Domnio, el primer obispo salonitano. Según la opinión más reciente de B. Gabričević, el oratorio habría sido construido en la época del predicador Venancio, quien probablemente fue el primero en organizar a la comunidad cristiana a comienzos de la segunda mitad del siglo III.
Después del Edicto de Milán sobre la tolerancia del año 313, la comunidad cristiana fue legitimada, pudiendo así confesar públicamente su fe. Por eso en los años que siguieron en Salona se empezó a construir, por partes, un gran complejo religioso cuya construcción tardó décadas y siglos. En él se erigieron todos los edificios necesarios para la confesión religiosa de la comunidad cristiana: primero una iglesia grande y posteriormente otra, el baptisterio, la residencia episcopal, el atrio y los vestíbulos. El acceso principal al complejo era desde el Sur, a través de una entrada monumental con cuatro columnas. De ahí se pasaba al nártex, una antecámara común de las dos basílicas que estaban construidas una al lado de la otra (paralelamente) en la parte oriental del complejo. Tanto el pavimento como las escaleras de acceso al complejo del baptisterio que están al norte del nártex, están bien conservados.
La iglesia septentrional, que F. Bulić llamó la “Basílica de la ciudad” (Basilica urbana) al suponer que se trataba de la iglesia principal de Salona, la episcopal, es una basílica de tres naves y un gran ábside semicircular en el cual se encuentran, junto a la pared, los bancos para los sacerdotes. La construcción de la basílica comenzó en el siglo IV bajo el obispado de Simpherius, pero la terminó su sucesor, el obispo Exigius cum clero et populo (con el clero y el pueblo), según figura en el fragmento de un mosaico conservado. La iglesia estaba consagrada a Cristo. Al igual que las demás iglesias de esa época, a lo largo del tiempo la basílica fue remodelada varias veces, en especial en el siglo V.
Junto a esa basílica, hacia el Sur, había una iglesia más, también de forma basilical. Sobre ella en la primera mitad del siglo VI, en la época del obispo Honorio II (547), se erigió una gran iglesia de planta cruciforme. Las fuentes escritas mencionan a ese obispo como el convocador de los concilios de Salona en los años 530 y 533, que fueron muy importantes para el establecimiento del poder eclesiástico en Dalmacia.
